包拯在太庙公审了小蛮郡主被杀的案子，首先指出庞统要谋反皇上，意图篡位，然后更指出杀小蛮的凶手是当今皇上-赵祯，并将事情追溯到三年前，也指出当年自己受伤失忆的真相。当皇上指出自己不在场的证据的时候，包拯更指出杀人凶手另有其人，她就是柴郡主。众人更是质疑，如果柴郡主是凶手的话，她是怎么避开众人逃离杀人的密室的？
公孙策讲到，杀人现场是一个完美的不能再完美的密室，屋里没有一件多余的东西，那唯一的可能，也就是最简单的方法，就是凶手伪装成了被害者，众人听后哗然
包拯一语道破天机，指出小蛮郡主就是柴郡主。小蛮是皇上当年为了试探包拯是否真的失忆而安排在包拯身边的柴郡主，小蛮是柴郡主带的一个面具。
包拯更是当着众人的面解开了天芒的秘密，天芒不是什么所谓的长生不老药，而是一种能提升人体能量的药，并且副作用特别大，它可以让人不眠不休的战斗15天，但15天后人的精力用尽就会死掉，而当年天芒由于地震被震出后，被使用完了。包拯指出这真是一个大笑话，大家拼命争夺，寻找的竟是一个空盒子，一个大笑话，当百姓怒骂皇上和宠统都并非好人时，四大将领也在蠢动，欲坐收渔人之利，因皇上与宠统均失去人心，打算拥立无权无势，但深得人心的包拯为帝。正在这危难的时候，辽人来犯，宠太师与展昭赶到，众人暂时放下一切，全力抗敌
其实辽人来犯，是小风筝去辽国找耶律文才，请他出兵，并答应他会留在辽国半年陪伴在他身旁。而请出宠太师是公孙策的主意，当风波平息后包拯，宠统，皇帝三人谈话，宠统请求辞官退隐，并明示皇上不能杀他，否则会引起百姓猜忌，并在离开时对包拯说出，如果是包拯当皇上的话，他绝对不会有谋反之心。这句话一出，动了皇上的杀心，皇上册封了包大娘，赏了很多钱。让包拯安心离去，包拯说了一些很奇怪的话就离开的包大娘，公孙策和展昭
他来到当初失足的悬崖，遇到了小蛮，表明他们生下来就有自己的路要走，这是他们的命运，被希望小蛮以后好好走自己的路，随后就跳下了崖，公孙策和展昭觉得包拯说话古怪一直跟着他，但是还是没有救到他
半年后，包拯的生祭那天，小风筝在辽国呆满半年，虽然耶律文才对她特别好，但她还是返回了大宋，因为公孙策才是她的咸卦
而在双喜镇，小蛮和大包同时出现了，大包还是那个傻大包，小蛮还是那个野蛮的小蛮，这块就是告诉我们包拯没死，小蛮也没嫁给皇上.
我想最后包拯应该没失忆，跳崖最后一句话不是“记住，大包要放葱蒜才好吃”，青葱的青上面丰下面月，指风月楼。蒜下面两个示，繁写为两个喜，指双喜镇。
少年包青天第三部最后结局为：
小蛮没有嫁给皇上，并被杀害了。
大结局简介：
包拯带着天芒回到京城，交到皇上手里。正当包拯察觉到自己对小蛮的感情时，小蛮却被杀害了，天芒也被盗。包拯离奇发病，太医诊断说最多还能活三天。公孙策查出杀死小蛮凶手竟是庞统。为揭开真相讨回公道，公孙策和包拯冒着丢掉性命的危险开庭审案，庞统并不认罪。
包拯昏迷不醒，庞太师父子却有造反的预谋。梦境中，小蛮来到包拯身边，最终把他唤醒。包拯终于康复，要亲自开庭审庞统。庞统依然不认罪，并把嫌疑推到了小风筝身上，小风筝被关进大牢。公孙策开始感觉到小蛮的死背后蕴藏着一个大阴谋，包拯和公孙策来到小蛮被害的现场，从头开始对案件进行调查。
在案发现场郑王府，包拯总有一种似曾相识的感觉，可他却解释不清。情况更加危急，四大将领带着兵马来参加皇上婚礼，庞太师夺权之心表露无疑。郑王被行刺，刺客竟是仁宗身边的太监忠义，难道忠义是杀害小蛮的凶手。
庞太师暗示包拯所有的事是儿子庞统所为，即将成为皇后的柴郡主此时病重。包拯指出了庞统阴谋篡权之罪，同时也指出杀害小蛮的真凶，众人哗然。包拯说出天芒的秘密，两年前包拯意外失踪并且失忆的事也真相大白，所有的一切都是一个精心策划的阴谋，包拯和小蛮不过是其中一颗棋子罢了。
包拯说出天芒的真相，城外却传来辽兵入侵的消息，庞太师主动请缨带兵出战。最终，所有的矛盾冰释前嫌，公孙策、展昭、小风筝、包大娘等等，每个人都选择了一种自己的想要的生活方式继续生活，包拯却跳下了山崖，离开了大家。
扩展资料：
剧情简介：
两年前，包拯忽接到一封信，便急急离开家园，之后便音讯全无。这些年里，每当有奇案发生，公孙策便会赶赴现场，目的其实是为了寻找包拯。因公孙策谙辽语，仁宗遂委公孙策为礼部侍郎，前往宋辽边境洽谈议和。
在边境小镇，公孙策和展昭遇到了大包——失去记忆成为妓院小杂工的包拯。失忆后的包拯傻里傻气，常被妓院里的小丫鬟小蛮欺负。妓院老板及辽国大官相继神秘被杀，包拯找到了真凶，真凶欲杀包拯灭口，但他却因祸得福恢复了记忆。
公孙策领着包拯及小蛮回到京城，得仁宗召见。仁宗邀得东瀛高僧至中土论道，派包拯代替自己前往参神。东瀛高僧带来了神武天皇传下的三大神器，有传闻神武天皇，正是当年被秦始皇派往东海寻找神仙的徐福。守护三大神器的僧人相继被杀，包拯终破了此案，参悟出三大神器的秘密。
仁宗认为天芒很可能就是徐福当年给秦始皇炼制的长生不死药，包拯得皇命寻找天芒，遂领着小蛮公孙策及展昭上路了。路途中，包拯等人结识了占卜姑娘小风筝、庞太师之子庞统和谜之少女若水等人。最后包拯才发现，这一切好像都是一个圈套，不管是自己的失忆，还是心之所系的小蛮 。
参考资料来源：百大百科-少年包青天三