以下为火影忍者主线剧情大致划分：
1~25，27~51，53~58，60~96，98，100，107~135，221~276，292~309，333~363，372~389，392~395，417~442，463~476，481~490，492~498，502~503，516~522，541~546，548~566，582~595，598~608，611~613，634~635，637~641，671，688，690
拓展资料：
1.佐助的抉择:鼬希望通过一种新的力量让佐助完成写轮眼的升级，那就是--仇恨。但是仇恨却改变了佐助的人生观。他生命的第一段以杀死鼬为目标而冷血，后一段为给鼬复仇而嗜杀。到目前为止，佐助人性的冷酷程度已经超越了前人甚至是斑。但是依然有一丝微弱的火苗在燃烧着，在给他心灵角落提供者点滴的温暖，那就是第七班的回忆。诅咒无法去除，即便是鼬花了那么大的心血。要去除诅咒，只有召唤外道魔像，从故事的起点修复错误。于是佐助面临着最艰难的决定：不辜负哥哥和历代宇智波精英的付出收集九尾完成外道魔像的召唤，还是念及旧情，保住九尾并因此保住鸣人.
2.鸣人的抉择:鸣人的忍者生涯都是和佐助紧紧缠绕着的。这个唯一给过他兄弟感觉的男孩子一直没给他相应的回报，不过他却矢志不渝。最初的动机是为了追回佐助，像别的班级一样，组成优秀团队;后来为了自己心爱的女人不再痛苦，而要玉成一段姻缘;最后是看懂了佐助极端痛苦的内心而要完成对其灵魂的救赎。但是所有这些，鸣人预计的代价都是打败强大的佐助并把他带回木叶。但是直到他了解到，原来要彻底拯救佐助，只有自己付出生命。
3.小樱的抉择:两个优秀的男孩子，哪一个都是她放不下的。所以她不可接受的就是看到他们之间自相残杀。于是她做出了亲手杀死佐助，并因此保证鸣人平安的决定。这是因为前者是她用生命去爱的人，后者是她用生命去关心的人。但是事情的发展是她无力控制的--她看到了鸣人死在佐助面前的可怕局面。尽管鸣人是主动受死的，尽管佐助只是误伤，尽管这一切的发生都只体现出了爱，而没有仇恨--小樱也做出了自己的抉择--她启动了生命疗法。当鸣人醒过来之后，当他看到佐助的回归之后，无上的快乐迅速包围了他，然而却不见了小樱。卡卡西瘦削的身影静立在夕阳的雾霭当中，依然掩盖不了肩膀的耸动。“她说你们两个要相互爱护，因为那就是她不断爱着你们两个的方式。”
和我们的世界一样，忍者的生活也被酸甜苦辣所修饰，就拿主人公来说吧，鸣人的生活中充满了心酸，从小不被人们所接纳，孤独伴随着他成长，直到他被他的老师，伊鲁卡，接纳，从此，他又有了佐助，小樱，卡卡西老师，鹿丸，很多好朋友，而且在自来也的帮助下学会了使用九尾的力量。不断进取最终成为了很了不起的忍者。
上面的人物大都活灵活现，人物的性格，很是逼真，故事情节也被描写的有声有色，合情合理，好像真的有似的。其中上面的，个个村子的战争就像现实生活中国家之间的勾心斗角一样，相互暗算。讽刺了我们现实生活中的人们，表面上看起来和平，但是，暗地里互相算计，都不希望别人过的比自己好。
火影忍者
001 旋涡鸣人登场 003 宿敌！？佐助和小樱 020 冲入新章！中忍试验 021 报上名来！强敌出现 022 干劲120% 锁定在NOW的挑战书 023 踢飞对手·九名新人全部集合 024 突然失格超难的第一场试验 025 决定胜负！进退两难第10题 ------中忍考试登场。 033 无敌阵型 猪鹿蝶 ------出面帮助小樱他们对抗音忍。 043 鹿丸退退缩缩！？女忍者们的热血之战 ------中忍考试和音忍金的比赛 059 猛烈 猛烈 猛冲刺 正赛开始了! ------去酒馆喊鹿久回家 063 丧失资格！？危险！失足！波澜起伏的正式选拔赛！ 064 云彩真实好啊...干劲ZERO的男人 ------中忍第三场考试，鹿丸对战手鞠。 069 等了好久了！A级任务！！ 070 逃跑NO.1麻烦鬼不得不干！！ ------中忍考试中断，执行A级任务，鹿丸留下阻止音忍。 088 木叶的标记与护额 ------鸣人回忆当初伊鲁卡对他、鹿丸、丁次和犬冢关于集中力学习的说教。 098 不要做忍者了(纲手的通令)
------与老爸去火影办公室的路上遇见鸣人。 107话 想和你比试 终于对峙 佐助vs鸣人 ------升上中忍 110 木叶五人一狗小队成立 111 接触 音忍四人众的实力 112 突然意外的内讧 鹿丸小队的大危机 ------升上中忍的第一个任务，追击佐助。 113 力量全开 燃烧吧 丁次 118 夺回 迟到的容器 119 失策!新的敌人 ------对战多由也 120 吼叫吧 咆哮吧 终极合体 121 各自的战斗 122 伪装!男子汉鹿丸 起死回生的赌注 -----夺回佐助的任务中，与音忍多由也的战斗。 123 木叶的碧绿野兽 登场 124 野兽爆发 跳吧 飞吧 冲吧 125 木叶同盟国 砂之忍者 -----鹿丸危险时，手鞠出现，以斩斩舞打败多由也。 135 没有遵守的约定 -----宁次、丁次等人被救回木叶治疗，鹿丸在手术室外等候，和手鞠面对面的坐着。手鞠一番话让鹿丸觉得自己根本不适合做一名忍者。但父亲教育他，要靠自己的实例保卫同伴，使他下定决心要变得更强，做一名出色的忍者，而手鞠也见证了他的誓言。 141 小樱的决意 144 新生三人组 二个人和一匹 145-146 爆裂 新阵形 猪鹿蝶 -----水木的事件中，鹿丸他们出动阻止风神雷神。 158 大伙儿跟我来 汗与泪的陷阱生存大挑战 191 死の宣告 『くもり时々晴れ」 193 打破琵琶道场！青春爆发（万岁踢场 青春爆发） 197 木叶十一人众集合 -----鹿丸作为队长展开对玄翁的调查 198 暗部束手无策 鸣人的记忆 199 偏离靶心 逐渐清晰的目标 200 现役大活发！最强帮手 201 多重陷阱 崩溃的倒计时 216-220 火影几个下忍帮忙砂忍追回人质 221 归乡 -----与手鞠一起处理中忍考试的相关事宜。 222 晓 开始行动 ------手鞠和鹿丸在街上散步 227 艺术乃爆炸也! ------手鞠要回砂忍村，鹿丸送她到木叶村门口。温馨的送别场面，临走时手鞠给鹿丸打劲，要加油争取当上上忍，再次对他露出微笑。而鹿丸也不好意思的挠头。 253 新的目标 254 结成！新卡卡西班 -----第一次展示这个忍术是毁坏佐井画的狮子。 284-288 ------木叶被封锁，和纲手商量，并亲自赶往战场。 294 ------新编二十小队，与阿斯玛、出云、子铁一组。 295 ------赴火之寺寻找晓成员的线索。片尾小剧场，说下一集火影将改名为“Shikamaru疾风传”，并对阿斯玛说：“这里还是应该让给你卡哇伊的部下嘛，时代需要的是酷酷的新英雄。”（好可爱~） 297--306 -------阿斯玛之死以及对战角都和飞段. 阿斯玛之死..为什么这么悲惨的事情都让鹿丸碰上.. 阿斯玛死后，鹿丸一直沉闷，后来和鹿久下将棋，因为鹿久的几句话掀了桌子（好man……）鹿久说的那句“然后……继续做英雄”，真是经典。(302集） 306-309 -------打败了飞段，为阿斯玛报了仇。 鹿丸人生的大转折....和鹿丸能力的大提升！ 372-373 鸣人的眼泪！ 重新振作的誓言 -------帮助破译自来也死前留下的密码。作为与鸣人有着相同遭遇（即老师战死）的同伴安慰鸣人，劝他成熟起来。 374-375 火影疾风传特别篇，师傅走过的道路，仙术修行开始！ --------与鸣人、卡卡西、志保一起破译自来也的密码。 377 木叶袭击 378 信任的力量 383 爆发 仙人模式 --------佩恩几乎将木叶夷为平地。鹿丸为救志保而腿部骨折。（啊，好心疼哦。） 384 危机 消失的仙人模式 --------鸣人单挑佩恩，鹿丸在远处担心，希望赶过去协助，但腿部骨折。鹿爸爸在一旁安慰，说现在过去是给鸣人添麻烦，鸣人已经不是以前那个鸣人了。 385 捕获九尾完成 --------受伤的鹿丸与井野一行人汇合，得知静音牺牲。鹿丸说：“我们不能让静音姐白白牺牲，在解开前辈她想要破解的佩恩之谜，并找到佩恩本体之前，我们不能哭。”（坚强而重情义的男子汉！）后来的一席话，又启发亥一想到追踪佩恩本体的办法。 386 告白 -------本集雏田是主角。为鸣人勇敢地挑战佩恩，很感人。鹿丸只是小小露脸。 387 地爆天星 -------鸣人与佩恩战斗爆了八尾。10'12"时，鹿丸出现，仍然在一旁与父亲鹿久以及山中父女、志保等人观战。 389 两个弟子 -------鸣人企图独自会面佩恩本体，鹿久等人前去阻拦，但鹿久同意鸣人前去，他对山中亥一解释道，这是因为他的儿子鹿丸。鹿丸当初去安慰失去师父的鸣人，回到家中，曾对父亲说：“他（鸣人）拥有大家都没有的什么东西。总有一天，他将成为对这个村子来说不可缺少的忍者。有鸣人在，就想和他一起并肩前行。”鹿久说：“从不轻易表扬别人的他，已经说到这种地步了，那么我也相信鸣人拥有什么与众不同的东西。”事实证明鹿丸和鹿久对鸣人的信任是正确的。 390-391探寻四代遗产 -------本集为特别篇，时间再次回到众人12-13岁左右中忍考试的日子。鸣人无意间得到关于四代遗产的信息，凯老师故意向他透露情报，这被丁次无意间获悉并告诉了同班的鹿丸和井野。这样第十班和第七班一起踏上宣召四代遗产之旅。而鹿丸在整个旅程中起到重要作用，通过对虎之卷的分析和对现场环境的观察，一次次化险为夷，解救了莽撞的鸣人，带领同伴达到重点。同时也是他最先领悟了这旅程的意义——相信同伴，团结取胜，成为忍者的旅程没有捷径！ 395 木叶的英雄 -------鸣人信念感化了长门，长门用最后的力量复活了因他而死的众人。风波被平息了，鸣人成了木叶的英雄，鹿丸因腿部骨折，在丁次的搀扶下与所有人一起迎接鸣人归来，并由衷地赞叹鸣人的实力。 396 过去篇~木叶的轨迹 新人教师伊鲁卡 -------时间回到鹿丸、鸣人等的小时候，刚刚进入忍着学校之时。鹿丸在本集只有一段话的台词，镜头较少，但制作组为我们呈现了小时候卡哇伊的鹿丸。 397 过去篇~木叶的轨迹 伊鲁卡的试炼 -------续接上集。当众人将鸣人当做“瘟神”一般避而远之时，小鹿丸从没有去欺负可怜的小鸣人，却疑惑的问鹿久缘由。鹿久告诉鹿丸要做自己认为对的事情。当鹿丸目睹鸣人被不怀好意的孩子欺骗去危险的后山后，他站出来告知伊鲁卡真相。 398 过去篇~木叶的轨迹 伊鲁卡的决意 -------接上集。在食杂店旁的鹿丸和丁次遇到了卡卡西，告知卡卡西鸣人与伊鲁卡可能在后山。卡卡西及时赶到后山，解救了处于危险中的两人。 399 过去篇~木叶的轨迹 负责人上忍 旗木卡卡西 -------童年鹿丸再现。本集鹿爸很出彩~ 405 过去篇~木叶的轨迹 动物野地 -------片尾小剧场出云子铁吐槽。大头Q版的鹿丸啊> <~~~ 413 过去篇~木叶的轨迹 两度死亡的男人 -------开场时鹿丸和志保在帐篷里整理废墟中搜集到的照片。对话中隐隐感到志保对他的暗恋吧……“觉得有个非常麻烦的视线……” 415 过去篇~木叶的轨迹 与第十班合作 -------第十班与第七班合作完成任务。本集突显了鹿丸的智慧，和信任伙伴的力量。 416 过去篇~三途河的最终鸣奏 421 苦涩的决断 -------为了忍界和平的长远考虑，大家隐隐感觉到木叶应该首先出面解决佐助的问题。鹿丸感到当初追回佐助任务的失败有自己的责任，于是主动要求将这个消息告知与佐助有着羁绊的第七班。 438 开始行动的大国 439 火影旗木卡卡西 440 大蛤蟆仙人的预言 442 五影的决断 火影忍者剧场版： 《火影忍者剧场版－大激突！幻之地底遗迹》 《火影忍者疾风传剧场版—羁绊》 《火影忍者疾风传剧场版—火之意志继承者》 《火影忍者疾风传剧场版—鸣人之死》 OVA： 木叶大运动会 终于爆发！上忍VS下忍！无差别混战大会开幕！！ 鸣人、魔神与三个愿望 木叶学院传